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流域治理可以根据各河情况考虑了改善江、河、湖泊水质；减轻咸潮倒灌，维持鱼类生长；输送河道泥沙；保护和扩大沙漠绿洲以及美化、绿化城市等，以改善生态环境。在研究综合利用水利枢纽的库容及水量分配时，也都注意发挥枢纽在改善水质、协调保护生态环境的作用。
受水循环规律制约，大气降水以分水岭为界按各个流域从地势高的地方逐步向地势低的地方汇集成地表径流和地下径流，并终以流域的主干河流出口将流域内接纳并汇集的水量注入海洋、湖泊等，以维持蒸发、降水、径流之问的水量动态循环平衡。周而复始的径流过程要求我们对水资源的开发、利用、保护必须关注汇集水资源的流域。
小流域治理的基本原则有哪些呢？
（1）根据小流域内水土资源现状及社会经济条件，正确地确定生产发展方向，合理安排农、林、牧用地的位置和比例，积极建设高产稳产基本农田，提高单位面积粮食产量，促进陡坡退耕，为扩大造林种草面积创造条件；
（2）水土保持工作要为调整农业生产结构，促进商品生产的发展和实现农业现代化服务；
（3）在布置治理措施时，使工程措施与林草措施及农业耕作措施相结合，治坡措施与治沟措施相结合，在地少人多的地区，林草措施面积比例可以小些；
（4）在实施顺序上，一般先坡面后沟道、先支、毛沟后干沟，先上中游后下游；
（5）讲求实效，注意提高粮食产量与经济收入，注意解决饲料、肥料和人畜饮水问题。
小流域治理的措施有：
（1）水土保持农业耕作措施，也叫水土保持耕作法；
（2）水土保持林草措施，即水土保持造林措施及种草措施；
（3）水土保持工程措施：在山坡水土保持工程中有梯田、坡面蓄水工程(水窖、涝池)、山坡截流沟等，在山沟治理工程中有谷坊、拦沙坝、沟道蓄水工程及山洪、泥石流排导工程等。
以小流域为单元进行综合治理是山丘区有效地开展水土保持的根本途径。很多地方已经把小流域管治与流域水土资源以及其他自然资源的开发、管理与利用结合起来，按流域成立了管理机构，加快治理速度，提高治理效果。